INSTALL
LICENSE.EUPL
MANIFEST.in
README
conda.env
runMultipipsa.py
setup.py
test_multipipsa.py
multipipsa/__init__.py
multipipsa/clusterpipsa.py
multipipsa/multipipsa.py
multipipsa/pipsatypes.py
multipipsa/structurealign.py
multipipsa.egg-info/PKG-INFO
multipipsa.egg-info/SOURCES.txt
multipipsa.egg-info/dependency_links.txt
multipipsa.egg-info/not-zip-safe
multipipsa.egg-info/requires.txt
multipipsa.egg-info/top_level.txt
multipipsa/data/setEnv.sh
multipipsa/data/doc/presentation/ClusterInfo.png
multipipsa/data/doc/presentation/CorrectedRand.png
multipipsa/data/doc/presentation/MultiPIPSAIntro.pdf
multipipsa/data/doc/presentation/MultiPIPSAIntro.tex
multipipsa/data/doc/presentation/SimHodgkinSurface.png
multipipsa/data/doc/presentation/clust0_1.png
multipipsa/data/doc/presentation/clust0_heat3_1.png
multipipsa/data/doc/presentation/m_gkn181f2.jpg
multipipsa/data/example/README
multipipsa/data/example/pdbs/1b9b.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/1ci1.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/1hti.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/1i45.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/1tim.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC1.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC2.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC3.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC4.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC5.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC6.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC7.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC8.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/AC9.pdb
multipipsa/data/example/pdbs/fort.66
multipipsa/data/example/pdbs/names
multipipsa/data/example/pdbs/sims.log
multipipsa/data/example/pdbs/sims_3.log
multipipsa/data/example/pdbs/sims_383.log
multipipsa/data/example/pdbs/spheres
multipipsa/data/example/pdbs/spheres_3
multipipsa/data/example/pdbs/spheres_383
multipipsa/data/pipsa/CHANGES.TXT
multipipsa/data/pipsa/LICENSE.TXT
multipipsa/data/pipsa/README
multipipsa/data/pipsa/aux/README
multipipsa/data/pipsa/aux/addlinks.pl
multipipsa/data/pipsa/aux/aln.fa
multipipsa/data/pipsa/aux/delphi2uhbd.f
multipipsa/data/pipsa/aux/delphi2uhbdLinux
multipipsa/data/pipsa/aux/do_pipsa_UHBD2APBS
multipipsa/data/pipsa/aux/do_pipsa_uho2pqr
multipipsa/data/pipsa/aux/getnames.sh
multipipsa/data/pipsa/aux/grid2insight
multipipsa/data/pipsa/aux/grid2insight.f
multipipsa/data/pipsa/aux/gridinfo
multipipsa/data/pipsa/aux/gridinfo.f
multipipsa/data/pipsa/aux/highlight_kin_groups
multipipsa/data/pipsa/aux/highlight_kin_groups.f
multipipsa/data/pipsa/aux/highlight_kin_points
multipipsa/data/pipsa/aux/highlight_kin_points.f
multipipsa/data/pipsa/aux/insightII.HydrSurface.in
multipipsa/data/pipsa/aux/insightII.electSurface.in
multipipsa/data/pipsa/aux/malign3d.2.sh
multipipsa/data/pipsa/aux/malign3d.pl
multipipsa/data/pipsa/aux/malign3d.sh
multipipsa/data/pipsa/aux/malign3d.whatif.in
multipipsa/data/pipsa/aux/mkElecSurface.sh
multipipsa/data/pipsa/aux/mkHydrSurface.sh
multipipsa/data/pipsa/aux/mktree.sh
multipipsa/data/pipsa/aux/modeller.2.in
multipipsa/data/pipsa/aux/orient.sh
multipipsa/data/pipsa/aux/pipsa2R.pl
multipipsa/data/pipsa/aux/pqr2qcd
multipipsa/data/pipsa/aux/pqr2qcd.f
multipipsa/data/pipsa/aux/uho2pqr
multipipsa/data/pipsa/aux/uho2pqr.f
multipipsa/data/pipsa/bin/2potsim_noskin
multipipsa/data/pipsa/bin/2potsim_skin
multipipsa/data/pipsa/bin/2potsim_skin_cyl
multipipsa/data/pipsa/bin/2potsim_skin_parts
multipipsa/data/pipsa/bin/2potsim_skin_spheres
multipipsa/data/pipsa/bin/2potsim_skin_spheresNN
multipipsa/data/pipsa/bin/2potsim_skin_spheresU
multipipsa/data/pipsa/bin/ccenter
multipipsa/data/pipsa/bin/grid_asc2bin
multipipsa/data/pipsa/bin/mat2phyl.pl
multipipsa/data/pipsa/bin/mkapbsin
multipipsa/data/pipsa/bin/mkapbsin-apbs-ot-0.3.2
multipipsa/data/pipsa/bin/mkdismx
multipipsa/data/pipsa/bin/mkgridin
multipipsa/data/pipsa/bin/mkkin
multipipsa/data/pipsa/bin/mkuhbdin
multipipsa/data/pipsa/bin/modeller2grin
multipipsa/data/pipsa/bin/n1potsim
multipipsa/data/pipsa/bin/nm1potsim
multipipsa/data/pipsa/bin/npotsim
multipipsa/data/pipsa/bin/qdipsim
multipipsa/data/pipsa/bin/smNextopred
multipipsa/data/pipsa/bin/uhbd_asc2bin
multipipsa/data/pipsa/bin/whatif2uhbd
multipipsa/data/pipsa/data/apbs.in_tmpl
multipipsa/data/pipsa/data/bnbs.exp
multipipsa/data/pipsa/data/bnbs.exp2
multipipsa/data/pipsa/data/calc-grid.in
multipipsa/data/pipsa/data/grin.in
multipipsa/data/pipsa/data/grub.dat
multipipsa/data/pipsa/data/k2a.in
multipipsa/data/pipsa/data/parts
multipipsa/data/pipsa/data/phylip_drawgram.in
multipipsa/data/pipsa/data/phylip_drawtree.in
multipipsa/data/pipsa/data/phylip_fontfile
multipipsa/data/pipsa/data/phylip_neighbour.in
multipipsa/data/pipsa/data/qtable.dat
multipipsa/data/pipsa/data/qtable.dat-org
multipipsa/data/pipsa/data/qtable_f.dat
multipipsa/data/pipsa/data/uhbd.in_tmpl
multipipsa/data/pipsa/data/uhbd_chk.in
multipipsa/data/pipsa/data/whatif_addH.in
multipipsa/data/pipsa/doc/.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/DM_PLCGD_2.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/HSORFV.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/H_ABR.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/H_BSYN2_2.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/H_BTK.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/H_MIG2.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/H_ORFA.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/H_PLCG_2.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/TC_SYN_2.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/availability.html
multipipsa/data/pipsa/doc/example.html
multipipsa/data/pipsa/doc/examples.html
multipipsa/data/pipsa/doc/f1hodgkin.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f2scalar.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f3phi.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f4d.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f4s.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f4sd.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f4skin.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f5pote.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f6alpha.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f6sia.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/f8corr.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/faq.html
multipipsa/data/pipsa/doc/index.html
multipipsa/data/pipsa/doc/installation.html
multipipsa/data/pipsa/doc/introduction.html
multipipsa/data/pipsa/doc/over.html
multipipsa/data/pipsa/doc/pc.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/phylip_ww.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/pipsa-fc.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/potentials.html
multipipsa/data/pipsa/doc/qpipsa-tpi.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/references.html
multipipsa/data/pipsa/doc/sims.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/usrguide.html
multipipsa/data/pipsa/doc/wwpote.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/wwtree.gif
multipipsa/data/pipsa/doc/cylinder/1.png
multipipsa/data/pipsa/doc/cylinder/2.png
multipipsa/data/pipsa/doc/cylinder/methodCylinder.docx
multipipsa/data/pipsa/doc/cylinder/methodCylinder.pdf
multipipsa/data/pipsa/doc/cylinder/methodCylinder.tex
multipipsa/data/pipsa/doc/cylinder/pipsaref.bib
multipipsa/data/pipsa/exa/PH.zip
multipipsa/data/pipsa/exa/PHR.zip
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/README
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/parts
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/parts2
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/DM_PLCGD_2.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/HSORFV.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/H_ABR.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/H_BSYN2_2.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/H_BTK.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/H_MIG2.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/H_ORFA.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/H_PLCG_2.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/TC_SYN_2.grd
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/apbs.in
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/apbs.ou
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/center.log
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/dum.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/fort.66
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/heatmap.R
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/io.mc
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/names
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/sim_spheres.mat
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/sim_spheres.mat_2_h.pdf
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/sims_cyl.log
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/sims_cyl.mat
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/sims_cyl.mat_2_h.pdf
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/sims_parts.log
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/sims_parts.mat_2_h.pdf
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/apbs/sims_spheres.log
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/DM_PLCGD_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/HSORFV.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/H_ABR.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/H_BSYN2_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/H_BTK.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/H_MIG2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/H_ORFA.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/H_PLCG_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/TC_SYN_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/gpdbs/pdbnames
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/DM_PLCGD_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/HSORFV.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/H_ABR.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/H_BSYN2_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/H_BTK.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/H_MIG2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/H_ORFA.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/H_PLCG_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/TC_SYN_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/opdbs/pdbnames
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/DM_PLCGD_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/HSORFV.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/H_ABR.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/H_BSYN2_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/H_BTK.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/H_MIG2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/H_ORFA.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/H_PLCG_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/TC_SYN_2.pdb
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pdbs/pdbnames
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/DM_PLCGD_2.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/HSORFV.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/H_ABR.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/H_BSYN2_2.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/H_BTK.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/H_MIG2.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/H_ORFA.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/H_PLCG_2.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/TC_SYN_2.pqr
multipipsa/data/pipsa/exa/PH/pqrs/pqrnames
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/README.parallel
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/exa/PH/uhbd/runParallelPipsaExample.sh
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/src/Makefile
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/src/mat2phyl40.pl
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/src/npotsim.f
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/srcl/Makefile
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/srcl/mat2phyl40.pl
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/srcl/mkdismx.f
multipipsa/data/pipsa/parallel_pipsa/srcl/npotsim.f
multipipsa/data/pipsa/scr/README
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_APBS_grids
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_APBS_prep
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_GRID_grids
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_GRID_prep
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_PQRs
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_UHBD_chk
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_UHBD_grids
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_UHBD_grids~
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_UHBD_prep
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_WHATIF
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_analyt_sim
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_phylip
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_sim
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_sim_add1
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_sim_cyl
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_sim_parts
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_sim_rem1
multipipsa/data/pipsa/scr/do_pipsa_sim_spheres
multipipsa/data/pipsa/src/2potsim_noskin.f
multipipsa/data/pipsa/src/2potsim_skin.f
multipipsa/data/pipsa/src/2potsim_skin_cyl.f
multipipsa/data/pipsa/src/2potsim_skin_parts.f
multipipsa/data/pipsa/src/2potsim_skin_spheres.f
multipipsa/data/pipsa/src/2potsim_skin_spheresNN.f
multipipsa/data/pipsa/src/2potsim_skin_spheresU.f
multipipsa/data/pipsa/src/Makefile
multipipsa/data/pipsa/src/Makefile-dynamic
multipipsa/data/pipsa/src/ccenter.f
multipipsa/data/pipsa/src/copyright.cmd
multipipsa/data/pipsa/src/copyright.txt
multipipsa/data/pipsa/src/exec.sh
multipipsa/data/pipsa/src/grid_asc2bin.f
multipipsa/data/pipsa/src/mat2phyl.pl
multipipsa/data/pipsa/src/maxdim.inc
multipipsa/data/pipsa/src/mkapbsin-apbs-ot-0.3.2.f
multipipsa/data/pipsa/src/mkapbsin.f
multipipsa/data/pipsa/src/mkdismx.f
multipipsa/data/pipsa/src/mkgridin.f
multipipsa/data/pipsa/src/mkkin.f
multipipsa/data/pipsa/src/mkuhbdin.f
multipipsa/data/pipsa/src/modeller2grin.f
multipipsa/data/pipsa/src/n1potsim.f
multipipsa/data/pipsa/src/nm1potsim.f
multipipsa/data/pipsa/src/npotsim.f
multipipsa/data/pipsa/src/qdipsim.f
multipipsa/data/pipsa/src/smNextopred.f
multipipsa/data/pipsa/src/uhbd_asc2bin.f
multipipsa/data/pipsa/src/whatif2uhbd.f
multipipsa/testsetup/pipsafixtures.py